Peeter Sarapuu on suurema osa oma interpreedikarjäärist olnud seotud ERSOga, kus ta töötas esmalt aastail 1985–1991, seejärel oli ta 7 hooaega fagotirühma kontsertmeister erinevates Soome orkestrites, ning on taas ERSOs alates 1998. aastast, alates 2005. aastast fagotirühma kontsertmeistrina. Ta on olnud korduvalt fagotisolist ERSO ees, samuti soleerinud Lapi kammerorkestri ja Vaasa linnaorkestri ees. Ta on mänginud NYYD Ensemble’i, Drottningholmi ja Helsingi barokkorkestri, Kuudennen kerroksen orkesteri, Opus X Ensemble’i, Corelli Consorti, Reval Ensemble’i, The Theatre of Voices’i, Kesselberg Ensemble’i, Melomania koosseisus. Sarapuu repertuaaris on ka varajane muusika (eelistatult originaalinstrumentidel) ja nüüdismuusika, samuti kammermuusika. Ta on osalenud paljudel muusikafestivalidel, sh “NYYD”, “Märzmusik”, “Klangspuren”, Brügge festival, “Europamusicale”, Viini Haydni festival, “La Folle Journée” jm. Ta on teinud ka salvestusi. Peeter Sarapuu on üle 20 aasta juhendanud noori interpreete nii Soome muusikaõppeasutustes, Tallinna muusikakeskkoolis, Eesti muusika- ja teatriakadeemias kui meistrikursustel. Ta on alates 2010 Walteri fagotifirma artist.