Emmanuel Pahud alustas flöödiõpinguid nelja-viieaastaselt, tema esimene õpetaja oli 15-aastane naabripoiss, kelle mäng oli Emmanuelile sügavat muljet avaldanud (“ütlesin oma vanematele, et tahan mängida flööti, tahan mängida seda sama Mozarti kontserti, mida see naabripoiss harjutab”). Järgmisel kolmel aastal õpetas teda juba selle naabripoisi flöödimängijast isa François Binet. 1979–1985 õppis Emmanuel Brüsseli muusikaakadeemias Michel Moinili juhendamisel. 1984–1987 oli tema juhendaja Brüsseli Monnaie kuningliku ooperimaja esiflötisti Carlos Bruneel. 1985. aastal võitis Pahud Belgia riikliku konkursi ja samal aastal mängis ta oma esimese kontserdi Belgia rahvusorkestriga, esitades teda 11 aasta eest inspireerinud teose – Mozarti kontserdi KV 313 (ja mis tuleb ettekandele ka Pärnus). 17-aastaselt siirdus Emmanuel Pariisi konservatooriumi (Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris), kus tema juhendajad olid Michel Debost, Alain Marion, Pierre Artaud ja Christian Larde. Õppimise ajal võitis ta Duino (1988) ja Kobe (1989) võistumängimised. 1988. aastal pälvis Emmanuel ka II preemia rahvusvahelisel Scheveningeni muusikakonkursil Hollandis. Tähelepanu äratanud noor interpreet valiti 1989. aastal – veel Pariisi konservatooriumi tudengina – Baseli Raadio sümfooniaorkestri esiflötistiks, kus ta mängis 1992. aastani. Sama aasta sügisel võitis Emmanuel Genfi rahvusvahelise muusikakonkursi ja seejärel sai temast vaid 22-aastasena Berliini filharmoonikute esiflötist (ja ühtlasi selle kuulsa orkestri noorim liige; orkestri peadirigent oli sellal legendaarne Claudio Abbado). Seejärel hakkas Emmanuel Pahud’ karjäär kiiresti edenema. Pärast Berliinis ametisse asumist on ta soleerinud paljude tuntud orkestrite ees, nagu Londoni sümfooniaorkester, Zürichi Tonhalle orkester, Orchester de la Suisse Romande, Genfi Camerata jpt. Samuti esineb ta regulaarselt olulisematel festivalidel Euroopas, USAs ja Kaug-Idas. Pahud on ka pühendunud kammermuusik. Üks tema pikaajalisemaid lavapartnereid on pianist Éric Le Sage, koos on tehtud ka mitmeid lindistusi. 1993. aastal oli Pahud Prantsusmaal Salon-de-Provence’is üks “Le Festival de l’Empér’i” asutajaid, eesmärgiga luua festival kui muusikaline laboratoorium, kus välditakse harjumuspäraseid kavu. Emmanuel Pahud on interpret, kelle repertuaar on väga lai, sisaldades klassikalist muusikat eri ajastutest – nii solo-, kammer- kui orkestrirepertuaari – aga ka jazzi.