Benjamin Nyffenegger on olnud Zürichi Tonhalle orkestri esitšellist alates 2008. aastast. Kammermuusikuna on ta üks Julia Fischeri kvarteti ning Oliver Schnyderi trio asutajaliikmeid.  Tema kontserttegevus on intensiivne, ta on esinenud olulistes muusikakeskustes kogu Euroopas ja Aasias (Londoni Wigmore Hall, Amsterdami Concertgebouw, Müncheni Prinzregententheater, Viini Musikverein, Leipzigi Gewandhaus, Zürichi Tonhalle, Taipei rahvuslik kontserdisaal), aga ka festivalidel, nagu Schwetzingen, “Praha kevad”, Gstaadi Menuhini festival, Frankfurt, Linzi Brucknerfest, “Septembre Musical”, Schwarzenbergi “Schubertiaad” või Pärnu Muusikafestival.

Tema kammermuusika partneriteks on olnud sellised muusikud, nagu Leif Ove Andsnes, Daniel Hope, Yulianna Avdeeva, Daniel Behle, Marc Bouchkov, Sarah Chang, Wolfram Christ, Vilde Frang, Roberto Gonzalez-Monjas, Maximilian Hornung, Daniel Müller-Schott, Alina Pogostkina, Maxim Rysanov, Lars Anders Tomter, Rudens Turku, Jörg Widmann ja William Youn. Solistina esineb Nyffenegger selliste orkestritega, nagu Academy of Saint Martin in the Fields, Berni sümfooniaorkester, Musikkollegium Winterthur, Taiwani riiklik sümfooniaorkester ja Zürichi Tonhalle orkester.

Tema musitseerimist on salvestanud paljud avalik-õiguslikud raadiojaamad üle Euroopa. Tema CD-salvestused Schuberti, Beethoveni ja Brahmsi kõigi klaveritriodega (RCA Red Seal, Sony Classical) koos Oliver Schnyderi trioga pälvisid rahvusvahelises muusikaajakirjanduses kõrgeima tunnustuse, nagu ka album “WinterreiseN” tenor Daniel Behlega, kus oli Schuberti tsüklisse lisatud ka kaks “varitegelast” – viiul ja tšello. Benjamin Nyffenegger sai oma esimesed tšellotunnid Magdalena Sterki-Haurilt, enne kui temast sai Zürichi kunstiülikooli Walter Grimmeri juunior-üliõpilane. 2005. aastal lõpetas ta samas magistrantuuri Thomas Grossenbacheri õpilasena. Ta on osalenud David Geringase, Allan Harrise, David Finckeli ja Victor Simoni meistriklassides. Nyffenegger on kontserdisarja “SeetalClassics” kunstiline juht Šveitsis Seonis.